Fabuła gry rozpoczyna się w ambulatorium Ogrodu Balamb, gdzie po pojedynku z Seiferem odpoczywa główny bohater gry – Squall Leonhart. Squall właśnie kończy swoją edukację w Ogrodzie i musi zdać jeszcze ostatni test, którego ukończenie nada mu tytuł SeeD. W jego ramach zostanie wysłany wraz z innymi rekrutami do Dollet – miasta, które zostało zaatakowane przez siły zbrojne Galbadii. Tam też pozna część swoich najlepszych przyjaciół. Po powrocie do Ogrodu, Squall wraz z kilkoma innymi zostanie wysłany z misją do miasta Timber.